PDB（Protein Data Bank，蛋白质数据银行）文件格式广泛用于存储和传输生物分子（如蛋白质、核酸等）的三维结构信息。PDB 文件包含了许多与生物大分子结构相关的重要信息，下面将详细介绍从 PDB 网站上直接下载的 PDB 格式文件中包含的各类信息。
PDB 文件的开头通常包含一些描述性信息，用于标识文件的来源、类型及其创建的背景。常见的头部信息包括：
示例：
HEADER STRUCTURAL GENOMICS 01-MAY-21 1XYZ
TITLE CRYSTAL STRUCTURE OF XYZOX PROTEIN
AUTHOR J.S.MITCHELL, K.LIU, C.WILLIAMS
PDB 文件的核心部分是每个原子在三维空间中的坐标信息。每个原子的详细信息通常包括：
示例：
ATOM 1 N ALA A 1 11.104 12.405 10.582 1.00 20.00 N
ATOM 2 CA ALA A 1 12.204 12.804 11.832 1.00 20.00 C
PDB 文件中会明确标示出蛋白质、RNA 或 DNA 中各个链的构成以及每个链中的氨基酸或核酸残基信息。每个残基的详细信息包括：
示例：
SEQRES 1 A 6 ALA GLY LEU CYS GLY ILE
SEQRES 2 A 6 PHE SER TYR LYS GLU CYS
PDB 文件中包含的另一个重要部分是分子内部的连接信息。具体包括：
示例：
CONECT 1 2 3 4
CONECT 2 1 5 6
在大多数PDB文件中，除了蛋白质和核酸分子外，还会包含溶剂（水分子）和可能的离子信息。这些信息有助于研究分子在生理条件下的结构和功能。
示例：
HETATM 1 O HOH A 1 15.340 13.052 12.765 1.00 20.00 O
HETATM 2 NA NA+ A 1 13.045 12.030 14.002 1.00 10.00 Na
有时，PDB 文件会附加一些关于蛋白质结构域的注释，这些信息有助于研究者理解结构的功能模块。常见的注释包括：
示例：
HEADER STRUCTURAL GENOMICS: BINDING DOMAIN 30-SEP-22 2XYZ
此外，PDB 文件还包含其他相关的元数据，诸如：
示例：
EXPDTA X-RAY DIFFRACTION
REMARK 3 RESOLUTION. 2.50 ANGSTROMS.
从 PDB 网站上直接下载的 PDB 格式文件包含了多种与生物分子结构相关的详细信息，包括原子坐标、分子连接、溶剂和离子信息等。通过这些信息，研究人员可以对分子结构进行深入分析，从而了解其功能、相互作用以及可能的生物学意义。